V první písemné zmínce o městě z roku 1304 je zmiňována trhová ves Brandýs s mostem a kostelem. Majitelé panství páni z Michalovic vystavěli v místech dnešního zámku tvrz, ve 2. polovině 14. století zde bylo zřízeno děkanství.
V letech 1468–1483 držel panství Jan Tovačovský z Cimburka, poté přešlo na rod Krajířů z Krajku. Za účast na povstání proti císaři Ferdinandovi I. bylo v roce 1547 panství rodu Krajířů z Krajku zkonfiskováno a přešlo do majetku rodu Habsburků, v němž zůstalo do roku 1918.
Významnou událostí v historii města bylo setkání panovníků protinapoleonské koalice, císaře Františka I., ruského cara Alexandra I. a pruského krále Viléma III. V roce 1813. Od roku 1960 tvoří souměstí se sousední poutní Starou Boleslaví.